为了保护灵隐寺和避免冲突，8月24日上午，赵士炘和杭州市副市长顾春林两次来到现场。第一次到现场后，顾春林劝说道：杭州市原有600多个寺庙，现只剩下了一个。我个人意见，灵隐寺应保存一下，这对国际反帝统一战线，可能起一点间接作用。赵士炘也做了耐心的解释工作。但红卫兵说，剧，几乎发生暴力冲突。同日，浙江大学护寺学生油印了一份《告全市人民书》，在全市广为张贴、散发，动员和号召全体市民行动起来，积极参与保护文物、保卫灵隐寺的斗争。8月26日，远在杭州市郊区的杭州钢铁厂几百名工人，分乘8辆大卡车赶往灵隐寺声援，与浙江大学师生参与保卫活动。他们在天王殿东侧树上挂下了“誓保灵隐“的巨幅标语，显示了工人阶级的磅礴气势，极具号召力和震撼力。
26日上午，杭州市5所中学的红卫兵秘密地分头召开会议，他们分析研究情况后认为：省委、市委领导都犯了严重错误，北京城里的东西(所谓的“四旧”)都打烂了。为什么灵隐寺要保护？省里是否有问题，我们还要继续组织去砸灵隐寺。
8月26日夜，杭州市委和浙江大学参与护寺的学生先后获悉，杭州几所中学的红卫兵已经集结队伍，要烧灵隐寺。灵隐寺再次告急。省委当即报告了国务院、周恩来总理。浙江大学第二次组织了约3000人前往保卫灵隐寺。这次他们早早地就在灵隐景区入口处，即相对开阔的天外天饭店一带，筑起了层层叠叠的人墙。夜幕中，细心的浙江大学师生发现这次企图破坏灵隐寺的红卫兵不过200多人，其中有人拿着几只铁桶。他们马上想到：里面装的会不会是燃油？难道这些人真像扬言的那样要来个火烧灵隐寺？于是不由分说，大家一起上前，合力把铁桶给夺了下来。有人拧开盖子一看，里面装的果然是煤油。于是，双方唇枪舌剑，又开始了激烈的辩论。
周总理明确指示
8月26日晚至27日凌晨2时，赵士炘、杭州市委秘书长赵诚和杭州市长王子达，先后到现场反复做劝说工作。这期间，国务院值班室给省委打来电话，转达了周恩来总理的指示：与对外活动有关的重点文物，能保存就保存。接到这个消息后，王子达当场向群众予以传达。未等王子达念完电话记录的全部内容，全场就响起热烈的掌声、口号声，乃至中断和淹没了他的讲话。周总理的指示传达到灵隐寺现场的途径说法不一，一时难以查清，但周总理指示传达到现场是不争的事实。正是靠着周总理崇高的政治威望和极大的人格魅力，主张砸寺的红卫兵才纷纷离去，千年古刹得以保存。
但是，事情并没有就此结束，还有为数不少的红卫兵并不相信周总理电话指示的真实性。8月27日白天，杭州市委值班室接到不少红卫兵的问询电话，仔细查问周总理来电保护灵隐寺的全部内容。有些人甚至认定，周总理的指示是“走资派”捏造出来的，砸“四旧”是革命行动，周总理一定会支持。这也是一部分红卫兵仍然坚持要捣毁灵隐寺的原因。
为此，约在8月27日，省委几位领导决定，第二次请示周总理。据不少当事人回忆，周总理明确指示：灵隐寺不是“四旧”，是国家的重要文物，是世界闻名的宗教胜地。灵隐寺不能砸。可将灵隐寺暂加封闭。周总理这次电话的内容，虽然现在查不到第一手文字资料，但《周恩来年谱》(1949——1976)下卷的有关内容也可作为佐证：“1966年8月底，得悉红卫兵冲击全国重点文物保护单位杭州灵隐寺，嘱秘书打电话告浙江省委：灵隐寺要保护，省委要做好工作。后又致电浙江省委：灵隐暂加封闭。”
8月29日上午，中共浙江省委书记处书记李丰平等领导再次就保护灵隐寺提出具体意见：1.大辩论，按国务院精神搞辩论；2.大辩论期间，灵隐寺保护起来，由市人民委员会去封；3.灵隐寺的门撑牢一点，有些地方设点障碍物；4.总要弄点人保护一下，园林工人看一下，其他人自动可以去。革命同志、阶级兄弟，不要自己打自己。
8月30日，杭州市人民委员会即发布公告：由于各方意见不一，辩论激烈期间，灵隐寺暂行封闭。这场保护灵隐寺的斗争就此拉下了帷幕，千年古刹完好无损地保存了下来。此后灵隐寺封闭了约4年，1970年因柬埔寨国家元首西哈努克亲王来访，才重新整理开放。
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