定山寺的历史十分悠久。定山六朝时被称为六合山。刘宋时，著名佛经翻译家、高僧宝云曾在六合山寺栖居，译出《无量寿经》、《佛所行赞》等经典。六合山寺可能就是定山寺的源头。定山寺唐、宋时期香火鼎盛，留下许多史料记载。其后延续至明清、民国时期，屡毁屡建，始终是南京江北地区的重要梵刹。1954年，定山寺毁于山洪暴发。另外，相传禅宗始祖菩提达摩一苇渡江后曾在定山寺驻锡。因此自宋代起定山寺即被看作是达摩的第一道场。现在遗址上留存有驻锡泉、达摩碑等遗迹。
定山寺遗址背依定山狮子峰，坐北朝南，两侧山峦围绕，地表泉水涌流，山水形胜极佳。上世纪90年代，当地曾对该遗址进行所谓的“平整”，导致宋代以上的地层全部遭到破坏，明清时期定山寺的面貌因此无从得知。本次发掘，我们采取整体布方的方法，将整个遗址划分为60个10×10平方米的探方，然后在遗址的中心位置发掘了其中的38个。清除表土后。陆续发现和清理出宋代定山寺的山门、院落、佛殿、塔基和地宫，以及水井、厨房遗迹。
山门位于遗址南部正中位置，平面呈“中”字形，其中部是一座平面为长方形的主体建筑，面阔三间(15．4米)，进深二进(9．4米)。其北侧还残存有台阶，长5．6米、宽2．5米。其东墙、北墙遗迹保存较好，墙外砌有散水。主体建筑的两侧皆有两排磉墩，可能是各建有一间侧房。
山门之后的建筑布局可分为东、西两大部分，东西之间有院墙相隔。西部为寺院的主体，自南向北先后发现前院(Y1)、大殿(F9)和后院(Y2)遗迹。前院平面为长方形，南北长26．20米、东西宽24．90米，占地面积达650余平方米。院落中以青砖铺地，中间高，四周低。在铺地砖的西侧清理出一宽O．9米的南北向的散水。该院之后是一座规模较大的方形建筑基址(F9)，面阔三间(24．7米)，深三进(24．2米)。基址内清理出排列整齐的磉墩，每个2～2．2米见方，周围砌有散水和排水沟。从规模和位置上推断，F9应为寺院中的一间重要的大殿。这种方三间的殿堂在宋元时期的江南禅寺中较为多见，后来甚至影响到了日本中世纪的禅寺格局。定山寺遗址方三间大殿的发现，对了解宋元时期江南禅寺建筑的研究提供了新的材料。
该殿之后为后院(Y2)，东西长23．70米、南北宽21．85米。占地面积为518平方米。据清代江浦县志《江浦埤乘》转引宋《六峯志》载，定山寺“凡屋三重”，说明在Y2之后，应该还有一座主要建筑有待发现。
山门之后的东部，自南向北发现2座房屋基址——F11和F10。F11面阔三间(14．5米)，进深为二进(12．4米)。推测它是北向开门，面对宝塔。F1O位于本次发掘区的东北角。它坐东朝西，面阔五间(22．4米)，深三进(13．5米)。在该房最南隔间中，发现存在打破关系的6座圆形灶坑，直径1．1～1．2米，皆在南部设火门。推测该间应是伙房所在地，而F10的整体功能可能为厨房，或是厨房兼膳堂。
在F10和F11之间，分布有塔基和水井(J1和J2)。塔基位于遗址中部，Y1和F9的东侧。塔基平面呈八边形，每边边长为5．5米，最大对径为15．50米。塔基外砌有散水。塔基内正西部和中部为经过夯打的土台基，台基表面和周围包砖，高度与塔外地面持平，这说明塔门开在正西部。而塔基内其余地面皆低于地表0．7米。地宫位于中部夯土台基的中央，平面长方形，长1．50米、宽1．20米、深0．70米，四壁青砖砌筑，早年遭扰动。地宫内置一石函，盖已佚。石函长45厘米、宽40厘米、高30厘米，函壁厚5～10厘米。在石函内发现有铁锈痕迹，推测其内原先可能放置有铁函。地宫内出土了3枚铜钱，年号最晚的为“至道元宝”，据此推测该塔的建造年代应为北宋早期。在塔基内出土了一件青石制作的八边形石座，在其中的四个侧面上分别雕刻了四大天王像，可能是一座石塔或经幢的一部分。
J1和J2皆位于遗址中部，11位置偏南，J2偏北。两井的井口皆为圆形，周围砌有方形井台。J1井口直径1．05米，深6米。J2井口直径1．3米，深5．5米。井圈皆由条砖和楔形砖围砌而成，如J1井口部平砖平砌11层，其下为“一平一滚”和“一平二滚”砌法，滚砖斜放使井内壁呈锯齿状。井底为原始黄色生土，呈锅底形。两井内出土了不少珍贵文物。其中一件为金刚杵形的鎏金镊子，可能为夹香的用具；一块略有残损的青砖上，刻诗一首：“定山寺里不君臣，一朝饭米二三升。油盐菜米无所口，向后烧窑不用口。”此外还出土了大量宋代瓷碗，其中多件碗底上带有墨书的“定”字。
定山寺考古发掘出土的文物总计300余件。包括陶、瓷、石、金属等多种质地。从功能上看，除了上述介绍的寺院用品外，以建筑构件为大宗，包括大量的瓦当、简瓦、滴水、脊兽、陶仙人等。另外还出土少量佛教造像，例如有一件灰陶菩萨头像，头戴宝冠，面相圆满。
通过局部解剖，考古队在宋代地层之下还发现了多处砌筑精良、保存较好的早期砖构建筑遗存，初步推测为唐代定山寺遗存。另外在遗址北部，考古队在地表采集到多枚南朝时期典型的莲花纹瓦当，推测该遗址原来可能曾存在南朝时期的建筑遗存，为今后进一步探索定山寺的源头——六合山寺提供了重要的线索。
考古发掘表明，定山寺遗址文化堆积深厚，整体保存较好，文化内涵丰富，是一处全国罕见的重要寺庙遗址，具有极高的保护和研究价值。2009年2月定山寺考古发掘专家论证会在浦口召开，与会考古、文物和宗教界的专家充分肯定了该遗址的重要性和考古成果，一致建议对它进行更为细致、全面的保护、发掘和研究。
