上述中国史籍中生动描述了土楼突出的防卫功能，是目前发现记载土楼的最早文献。黄汉民因此提出，从历史文献考证意义上讲，漳州闽南人土楼的出现比永定客家人要早。而首座被列入全国重点文物保护单位的土楼——二宜楼，就是闽南人居住的土楼。
除了文献记载，漳州的闽南土楼多有楼匾，上刻建造年代，漳州土楼专家、市文化局文物科原科长曾五岳将这种现象称为“楼额石匾纪年文化”。“纪年土楼具有可靠的始建年代，楼额石刻年号清楚，一目了然；相比之下，无纪年的土楼就像没有户口簿和身份证的黑户，后人只能对其进行主观臆测。”曾五岳说。
根据现有文献和楼额纪年，他进一步提出：明代嘉靖以前不可能产生土楼。崇祯十七年（1644年）以前，永定县多数山区仍被南亚热带原始雨林所覆盖，地旷人稀，没有人力、财力、物力去建造大型夯土高层建筑。而且，明代对基层社会控制十分严酷，按照《大明律》规定，庶民不准建楼。“现存有明确纪年的明代土楼，绝大多数在闽南地区。土楼是从明代抗倭实践中产生的奇特建筑，这在康熙《漳浦县志》中有明确记载。”曾五岳说。
胡大新接受采访时称，客家人素有闯天下的传统，不少永定人从明代起迁往邻近的南靖、平和、新罗、大埔等地，土楼建筑工艺也开始传到那里。所谓单元式土楼，是闽南人在客家土楼基础上进行的改造，不过是客家土楼的变异。而且，单元式土楼有致命弱点——防御功能远远不及通廊式土楼，遇到敌情在楼内运动十分不方便。而客家土楼家家户户之间没有隔断，体现了整个家族“高度团结”。曾五岳则指出，单元式土楼之间有隔断，恰恰是为保护个人隐私，减少楼内噪音，与是否团结无关。“客家土楼的内通廊式圆楼样式几乎雷同，而闽南土楼有单元式、通廊式和混合式等多种形制，呈现的文化信息更为丰富。”
按照当时统治者的规定，一般人的确不能建造这种高大的民居。但胡大新认为也有例外，永定地区地理位置偏僻，“山高皇帝远”，很多家族中出了不少有身份的人，而条丝烟业的兴旺也为当地人积累了丰厚的财富，已经具备建造巨型土楼的能力。对此，福建师范大学社会历史学院教授谢重光指出，清康熙年间，由于漳州移民的引种，汀州各县才开始大量种植烟草，各县中又以永定、上杭种烟最盛。因此，假如条丝烟与土楼建造确实有某种联系，也是清代以来的事情，这样一来，客家人在明代开始建造土楼的确切性似乎更加渺茫了。
目前对于土楼源起，客家人说和闽南人说呈锱铢必较、寸土不让的态势，预计这场纷争仍将持续下去。
迷局四：“家底”不明4万座还是3千座？
2009年，福建某媒体刊登的一则旅游广告称：永定境内现存2.3万座土楼。邻县南靖也不甘示弱，对外宣传“有土楼两万余座”。而黄汉民根据各县的初步统计和其他学者提供的统计数（未包括土楼遗址），得出的数据为3000余座，他认为这是所有福建土楼的总和。
福建土楼的“家底”究竟如何，是4万座？还是3000座？对于统计数据缘何差距如此之大，黄汉民认为，由于对土楼的概念含混不清，没有明确界定，在这个最基本概念上缺乏共识，统计数字自然相去甚远。
漳州市所属的平和、云霄、诏安目前均未进行过土楼普查。尤其是平和县，作为福建土楼最集中、最有典型意义的县之一，在土楼数量上至今没有准确可靠的统计数字。黄汉民介绍说，由于没有进行科学普查，2002年12月5日，一天之内发现了3个福建土楼之最。当时，他与平和县博物馆馆长朱高健先后考察了平和县霞寨镇西安村的西爽楼和大溪镇庄上村的方楼庄上城、江寨村的淮阳楼。这3座楼，一座比一座规模大，令人感到不可思议。
黄汉民后来了解到，不仅当地镇领导不了解这几座楼，就连县里的文化部门普查统计文物时也未能将其涵盖。“很难说将来还会不会有新发现，因此现在只能说，某某土楼是迄今为止所知的‘最大’。”对于缺乏科学普查的原因，他指出，这是由于各地方政府部门不重视所致。1986年，由于日本学者到南靖县考察土楼，当地政府和文化部门对此十分关注，不久就把土楼列入了文物普查之中，这一行为为学者研究南靖土楼打下了较好的基础。
土楼“家底”至今是一笔糊涂账，而研究人员之间也很少就此进行学术交流，导致外界无法全面掌握统计数据。比如，地方学者囿于本地区范围的研究，虽提供了详细资料，但无法全面了解其他地区的情况；个别学者单纯从宣传客家文化角度来介绍客家土楼，不自觉地陷入片面性；建筑学者多致力于基础资料的测绘，虽然提供了第一手宝贵资料，但还有待深入分析；外国学者提供了可资借鉴的方法，但他们的研究走马观花，缺乏对历史和国情的分析，经常被片面宣传误导。
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