普渡寺始建于明代，原名为皇城东苑，又名“小南城”，占地近10000平方米，是太子居住的地方。清初为摄政王多尔衮的府邸，乾隆20年（1755年）重新修葺扩建，后乾隆赐名普渡寺，这也是历史上最后一次修建，距今已有247年。普渡寺建筑非常独特：建在高台之上，而且窗棂低矮。古建专家介绍，这样典型的满族风格文物建筑在北京就这一处。

    北京东城区普渡寺位于南池子大街，原为清初所建的喇嘛庙。原址是明代南城的洪庆宫一部分。清代摄政王（睿亲王）多尔衮王府。康熙三十三年（1694），旧睿亲王府改建成玛哈噶喇庙。1776年，乾隆将该寺赐名“普渡寺”。大殿建筑宏伟，台基高大，须弥座式，面阔9间。黄瓦绿剪边殿顶，前厦为绿瓦黄剪边。檐出飞檐共3层，为建筑式中少见。

    普渡寺1984年即被确定为北京市重点文物保护单位。由于历史原因，建国以后，普渡寺地区自然形成一个高密度居民区，普渡寺大殿变成了学校的教室和仓库，普渡寺破损严重，四周的配殿更是不复存在。普渡寺的修缮引起了许多部门和人士的关注，被列入北京市3年“3.3亿元文物抢险修缮工程”项目，东城区财政投资4000多万元，搬迁了普渡寺台上的186户居民，撤并了占用普渡寺大殿的南池子小学，拆除普渡寺周边破旧民房和违法建筑近5000平方米，彻底腾退文物，进行修缮。

    腾退后，普渡寺的修缮完全按照古建传统工艺及文物整旧如旧的原则进行修缮。殿内的彩画穹顶看起来半新半旧，这是因为在维修时要首先使用旧建筑构件，只有当旧件缺损、数量不够时才用仿制的新件代替。