李纯祠堂大部分建筑构件是原位于北京西四北太平仓的庄亲王府的。庄亲王府是清初承泽郡王硕塞长子庄亲王博果铎的府邸（据传此处也曾是明朝宦官刘瑾的宅第）。在庚子年（1900年）时，末代庄亲王载勋还此处设拳坛，支持义和团运动。八国联军攻占北京，其府被焚，但没有被完全破坏。直到1920年代，因北洋军阀李纯及其弟李馨买下庄亲王府，拆除王府建筑，在此建房租赁，后称此地为平安里。

    关于李纯兄弟购买此宅说法不一。第一种说法因为庄亲王载勋参与拳乱，死后家属的生活艰难，经济拮据。时值李纯兄弟要在北京购置地产，以20万元购买这个王府。第二种说法1916年，李纯兄弟听说美国洛克菲勒基金会购买豫亲王府，在修建协和医学院时，从地下挖出了大批的银两，兄弟二人于是出价20万元现大洋买下了这座破败的庄亲王府。后将庄亲王府原址拆除，把建筑构件运回天津，选在南开洼地重建。据说李纯原本想建成私家庭园，后袁世凯派人调查，索性就改成了李氏祠堂。国民政府时期，此地变成了天津棉纺六厂的职工宿舍。