闽南佛学院分设男众部和女众部。男众部设在南普陀寺内，女众部设在景色秀丽的金榜山紫竹林寺。

    紫竹林寺位于福建省厦门市吴仓社董村，金榜公园左侧。旧为「宝山岩」，俗称「董内岩」，始建于明朝万历年间。相传有当地吴姓村民在此掘地得宝，即营建岩寺，是为「宝山岩」和「董内岩」名称之由来。岩侧原有泉水清冽，据传宋幼主从此经过，曾掬泉止渴，乃称为「圣泉」，为禾山四大名泉之一。

    岩泉于清初兵燹。康熙二十五年（一六八六年），有同安寺光隐和尚居此重兴寺岩，并就地购置寺田，与门徒耕耘自食，笃修圣道，并于岩侧勒石告诫诸徒：「严守田产，持行农禅，躬耕力食，不与世人争利。」清末民初，殿堂因蚁虫蛀蚀倾危，蒋以德居士及地方董事集资于高昂地带重建大殿及僧舍寮房。

    一九四九年后，寺院一度驻扎军队，上世纪八十年代末部队撤离，由厦门市佛教协会接管，并由南普陀寺及闽南佛学院募建，作为闽南佛学院女众分院学舍。

    一九九一年动工兴建，一九九七年年落成。学院女众入迁，并改称紫竹林寺。一九九八年八月举行落成开光典礼。