噶丹寺是在明永乐七年（1409年）时，由西藏喇嘛教格鲁派（黄教）的创始人宗喀巴兴建的，是西藏喇嘛教格鲁派的祖庭，清世宗雍正皇帝曾给寺院赐名为“永泰寺”。寺院的法台甘丹墀巴就是宗喀巴法座的继承人，他的地位仅次于达赖喇嘛和班禅，平时常住甘丹寺内。

    寺院开始时规模不大，后来经过多次增建、扩建，寺院的建筑遍布于汪古尔山上。寺院原来分为夏孜、绛孜两个扎仓（僧学院）、23个“康村”，每个“康村”管辖若干“米村”，“康村”、“米村”都是“扎仓”下面的地域性组织，也是僧人食宿的地方；有3300多个僧人在寺内供养，规模十分巨大，与哲蚌寺、色拉寺合称为三大寺院。

    寺院在鼎盛时曾是楼阁重叠、殿堂林立，十分的兴盛，其中尤以教派的创始人宗喀巴的肉身灵塔最为著名，其它的还有宗喀巴寝殿、大经堂、僧舍等，今天所见寺院的建筑多已毁弃不存。