昙石山文化距今四五千年，以闽候昙石山遗址为代表，以闽江中下游为中心，连接闽台两省，是福建古文化的摇篮，先秦闽族的发祥地。它的出现，惊现了不为人知的先秦闽族文化，将福建文明史由原来的3000年向远古大大推进了一步。昙石山文化作为福建的地域文化，与台湾岛的古代文化也有着一定的联系。经过专家考证，其中中层文化与台湾高雄的凤鼻头第三、四期贝丘文化有不少相似之处，通过碳14测定的年代也大致相当，而其中彩陶、有段石锛和拔牙习俗十分接近。这表明当时闽台两地的居民已经有了密切的往来和联系。昙石山文化的探索对两岸古代文化研究有非常重要的意义。昙石山遗址保护和博物馆建设工程总投资1亿多元,遗址已考古发掘8次，目前仍有三分之二尚未挖掘。博物馆主馆区展示昙石山文化特色主题的遗址考古实物内容，南侧的古民居建筑修复后将陈列喜寿婚庆、家庭劳动等清至近代民俗文物，在模拟考古，陶器作坊，复原古屋区观众可以参与考古实践，在馆区东北端、南端和昙石山山顶，设置标志性雕塑和艺术群雕，反映昙石山人的生活、劳作等场景。考古现场展示将再现考古发掘现场原貌。