本善寺是善行寺的别院。民国五十年顷，善行寺塬有的纳骨室不敷使用。当时地方贤达人士建议，恭请佛菩萨慈悲，南鲲?叁王爷协助指点吉祥福地，于佳里镇北郊区飞沙?，南边建大雄宝殿及净房大寮等。东边建莲光宝塔于民国五十叁年鸠工兴建至民国五十八年落成使用。大雄宝殿及净房大寮等初期工程于民国八十一年告一段落，并申请加入中国佛教会暨中国佛教传?协会，是年取得建筑执照及使用执照，开始宏扬佛教心理哲学，引导信众为正知、正见、正行的佛教实践者，为本寺的宗旨。

    本善寺西邻平埔西拉雅族「阿立祖」祠堂。西北角有荷兰人?据台湾时所凿的古井一口，至今井水清凉可口，日据时代取井水做豆腐细坷爽口。东邻佳里糖厂，今开发为萧垄文化园区。东南边为佳里镇市区有百年?史建筑物-善行寺大士殿和叁级古?金唐殿，是嘉南平塬最殊胜的名胜古?之ㄧ。

    位于佳里市区的善行寺和位于北头洋山麓的本善寺本来就是一体，两寺皆是佛教庄严道场，供奉本师释迦牟尼文佛和阿弥陀佛圣像，每年农历四月八日两寺同时举行浴佛法会九月二十九日两寺同时举行药师法会，莲光宝塔于农历叁月一日举行春季祭祖，农历十一月一日举行秋季祭祖法会，法务日益增长，将来必有可观的成就。